در پی شکست اعراب در جنگ شش روزه از رژیم اشغالگر فلسطین ، رژیم های محافظه کار عرب در موضعی تدافعی ناچار شدند تا برای خاموش ساختن آتش احساسات توده های مسلمان کشورهای خود اقدامی ولو ظاهری و نمایشی انجام دهند. لذا کشورهای مزبور در صدد ایجاد سازمان کنفرانس اسلامی بر آمدند . تشکیل سازمان به ابتکار ملک فیصل پادشاه عربستان صورت گرفت. سران کشورهای اسلامی پس از آتش سوزی مسجد الاقصی در اوت ۱۹۶۹ در گردهمایی خود در رباط(مراکش) در سپتامبر ۱۹۶۹ به سازمان مزبور موجودیت بخشیدند. سازمان کنفرانس اسلامی تا سال ۲۰۰۸ در برگیرنده ۵۷ کشور اسلامی می باشد. عضویت دو‌کشور افغانستان و‌مصر به دلیل اشغال نظامی افغانستان از سوی شوروی سابق و امضای معاهده کمپ دیوید با اسرائیل از سوی رژیم مصر از جانب کنفرانس به تعلیق در آمده بود اما در اجلاس چهارم سران کشورهای اسلامی در کازابلانکا مجددأ از مصر برای عضویت در کنفرانس دعوت به عمل آمد. همچنین در اجلاس هجدهم وزرای امور خارجه سازمان کنفرانس اسلامی در ریاض تصمیم گرفته شد که کرسی افغانستان به مجاهدین افغانستان واگذار شود.